Dr. Octopus đã chế tạo ra những con virut Octavius, tự cấy vào cơ thể của mình và lén cho những con virut này ký sinh vào cơ thể Peter. Những con virut này có tác dụng chuyển đổi tâm trí của Peter qua thân xác của lão Ock và ngược lại. Peter (đang trong cơ thể lão Ock) bị bắt và tống giam vào tù. Trong tù, Peter sử dụng chức năng của những con virut này liên kết với bọn robot Octobot và bọn tội phạm Hydro-Man, Scorpion và Trapster đến để giải cứu cho Peter (bọn này hoàn toàn không biết là Peter đang trong thân xác lão Ock nên cứ tưởng là lão Ock nhờ giúp đỡ). Sau khi được giải cứu khỏi tù, Peter nhờ bọn tội phạm này bắt “Spider-Man” về cho mình.

Dr. Ock đối phó với Peter bằng cách thông báo với tất cả mọi người thân của Peter là chạy vào trốn trong tòa tháp Avengers, nhằm mục đích để bắt họ làm con tin.

Peter tấn công Spider-Man (Ock). Cả hai ngang tài ngang sức vì đã biết quá rõ khả năng của nhau, Nhưng trong lúc chiến đấu, để bảo vệ dì May, Peter liều mình ôm Ock lao ra khỏi tòa nhà Avengers và rơi thẳng xuống đất. Peter trong thân xác lão Ock bị chấn thương nghiêm trọng và từ từ tắt thở. Nhưng lão Ock trong thân xác Peter đã mặc thủ sẵn áo giáp nên hắn chỉ bị xây xát nhẹ. Khi cận kề cái chết, Peter truyền hết trí nhớ và kí ước của mình lại cho lão Ock, bắt hắn trải nghiệm qua tất cả nhưng sự kiện mà Peter – The Amazing Spider-Man đã trải qua.

Sau khi chứng kiến những gì Peter trải qua, Dr Ock hối hận và không muốn tiếp tục, nhưng đã quá trễ để đổi lại, Peter Parker trở thành “Uncle Ben” của Dr Ock với câu nói nổi tiếng: “Quyền năng càng lớn, trách nhiệm càng nặng nề”. Peter chết dưới sự căm thù, khinh bỉ của người thân bạn bè và gia đình. Kẻ thù lớn nhất của cậu, Dr. Octopus, người đánh cắp tất cả mọi thứ Peter xây dựng nên, đứng trên của chính lão, tự xưng mình sẽ là Siêu Người Nhện,một người nhện mạnh hơn Peter,một người tốt hơn Dr Octopus và tiếp tục cuộc hành trình của anh.

Rồi sau đó, Doc Ock tiếp tục cuộc sống của Peter Parker. Nhờ vào những kí ức còn lại của Peter, Doc Ock đã tiếp tục một cách khá trơn tru. Nhưng khi xóa trí nhớ của Peter trong #9, hắn đã gặp khó khăn trong việc tiếp tục cuộc sống của Peter. Doc Ock đã lấy về bằng tiến sĩ rồi thành lập Parker Industries, và đem lòng yêu Anna-Maria Marconi.

Nhưng rồi, Doc Ock sau khi thất bại trong cuộc chiến chống lại Đế chế Goblin, và Anna-Maria Marconi đang nằm trong tay Norman Osborn, hắn ta biết rằng mình đã thất bại. Khi bị Menace dẫn xuống một đường tàu điện ngầm, hắn thấy Amy Chen - một cô bé được hắn phẩu thuật cứu sống, chuẩn bị bị tàu cán. Lúc này, Otto đang phân vân: nếu hắn nhảy ra cứu cô bé và thất bại, thì sẽ chẳng còn ai cứu sống Anna-Maria Marconi, lúc đó, Peter Parker (vẫn còn trong đầu hắn) đã điều khiển hành động của thân xác, nhảy sang cứu sống Amy Chen.

Peter nói với Otto rằng: Ông đã sai, Otto. Khi có thời gian, ông so sánh các lựa chọn. Khi không có, ông phải hành động. Và ông phải luôn chọn điều đúng. Ngay cả khi điều đó có nghĩa là phải bỏ đi những lợi thế... như tôi vừa làm. Giờ ông biết tôi đang ở đây, và tôi hiểu điều đó nghĩa là gì: Hiệp Hai. Nào, bắt đầu thôi. Tôi đã sẵn sàng.

Sau đó, Otto thú nhận rằng, Peter mới là The Superior Spider-Man - Người Nhện Thượng đẳng. Peter thông minh hơn những người khác, nhưng cậu đã chôn giấu điều đó. Còn Otto, ông ta thổi phồng mình lên, giả vờ là ông ta thông minh hơn Peter, nhưng ông ta chỉ che giấu sự thật mà thôi.

Ông ta đi đến Parker Industries, thực hiện xóa trí nhớ của mình để cho Peter lấy lại quyền kiểm soát cơ thể. Peter cùng Spider-Man 2099 Miguel O'Hara đã đánh bại được Đế chế Goblin và cứu được Anna-Maria Marconi.

Sau đầu truyện Superior Spider-Man, khi mà Peter đã lấy lại được cơ thể, Marvel cho ra một bộ truyện mới mà cũ: The Amazing Spider-Man (2014)